Pengklasifikasian Bakteri

Jumlah dan jenis bakateri sangat banyak. Untuk menentukan tata nama pada setiap jenis bakteri, para peneliti menggunakan dasar klasifikasi diantaranya 

1. Berdasarkan sifat umum 

Bakteri  merupakan organisme  bersel-tunggal yang bereproduksi  dengan cara sederhana,  yaitu  dengan pembelahan biner. Sebagian  besar hidup  bebas  dan mengandung  informasi  genetik dan memiliki sistem biosintetik dan penghasil energi yang penting untuk pertumbuhan  dan reproduksinya. Sejumlah  bakteri, bersifat parasit  intraseluler obligat contohnya  Chlamydiae  dan Rickettsiae. Dalam  beberapa  hal  bakteri berbeda  dari eukariot. Bakteri tidak  memiliki ribosom 80S maupun  organel bermembran, seperti  nukleus, mitokondria,  lisosom, retikulum endoplasma  maupun badan  golgi, bakteri   tidak memiliki flagela fibril 9+2 atau struktur  silia seperti pada sel eukariot. Bakteri  memiliki ribosom  70S dan kromosom sirkuler  tunggal (nukleoid) tanpa  sampul  yang disusun oleh asam deoksiribonukleat untai-ganda (DNA) yang bereplikasi secara amitosis. Jika terjadi pergerakan sering  disebabkan adanya struktur  flagela filamen-tunggal. Sejumlah bakteri  memiliki mikrofibril eksternal (pili atau  fimbria) yang berfungsi untuk menempel.  Mycoplasma tidak memiliki dinding sel, sedangkan eubakteria lainnya menghasilkan struktur sampul  dengan   susunan  senyawa  kimianya mirip peptidoglikan dinding sel. Eubakteria yang berdinding sel dan archaebakteria dapat berbentuk kokus (bola), basil  (batang), batang melengkung atau spiral. Struktur  kimia  sampul eubakteria  sering digunakan untuk membedakannya ke dalam kelompok  bakteri Gram-positif, Gram-negatif, dan “acid-fast” (tahan-asam). 

2. Berdasarkan konsep spesies  

Spesies bakteri didefinisikan secara deskriptif (fenotipik). Setiap macam bakteri dianggap sebagai suatu spesies, yang dibentuk dari kumpulan strain yang memberikan beberapa gambaran sangat berbeda dari strain lain. Suatu strain merupakan merupakan progeni atau subkultur dari isolat koloni tunggal dalam kultur murni. Spesies bakteri didefinisikan melalui (1) sifat struktural dari bentuk, ukuran, cara pergerakan, tahap istirahat, reaksi pewarnaan Gram, dan pertumbuhan secaramakroskopik, (2) sifat nutrisi dan biokimia, produk akhir dan informasi biokimia lain pada metabolit dan komponen seluler, (3) sifat  fisiologi relatif terhadap oksigen, temperatur, pH, dan respon terhadap zat antibakteri, (4) sifat ekologi dan (5) komposisi basa DNA, homologi, dan sifat genetik.

3. Berdasarkan konsep biovar (Biotipe Spesies/Strain) 

Kumpulan spesies bakteri terdiri dari strain-strain yang saling berhubungan tetapi berbeda  organisme, kadang-kadang disebut sebagai “cluster”. Dalam setiap kumpulan spesies atau “cluster”, suatu strain dipilih secara acak untuk menjadi wakil terbaik dari spesies tersebut. Strain ini disebut biotipe (atau biovar) dari spesies, dan sesudah itu sifatnya digunakan untuk menggambarkan spesies tersebut. Strain biotipe digunakan sebagai “strain referensi”, tersedia pada koleksi kultur seperti ”The American Type Culture Collection” (ATCC), Rockville, Maryland, USA. Strain biotipe tidak memperlihatkan semua sifat strain dalam kumpulan spesies. Oleh karena itu, penandaan subspesies, seperti serotipe (serovar), patotipe (patovar), morfotipe (morfovar), atau tipe faga (fagovar) kadang-kadang digunakan untuk menunjukan sifat tertentu dari variasi strain. Pada bakteri, tidak adanya kriteria gabungan definitif untuk penandaan spesies dapat difahami akibat variasi pada tingkat  dimana kelompok dipisahkan, bergantung pada gambaran peneliti, sebagai kolektor dan pemisah. Menurut kategori pemisah yang menandai setiap serotipe (serovar)  Salmonella sebagai suatu spesies dengan nama yang dimilikinya. Di pihak lain, pengumpul menandai serotipe individu sebagai jumlah tipe dalam spesies tunggal, contohnya, Klebsiella atau Streptococcus.

Read More

Carolus Linnaeus

Carolus Linnaeus atau Carl (von) Linné (lahir di Älmhult, 23 Mei 1707 – meninggal di Uppsala, 10 Januari 1778 pada umur 70 tahun) adalah seorang ilmuwan Swedia yang meletakkan dasar tatanama biologi. Ia dikenal sebagai "bapak taksonomi modern" dan juga merupakan salah satu bapak ekologi modern.

Linnaeus ialah ahli botani yang paling dihormati pada masanya, dan ia juga terkenal dengan kemampuan bahasanya. Selain menjadi ahli botani, Linnaeus juga ahli dalam zoologi dan adalah seorang dokter.

1. Biografi

Carolus Linnaeus lahir di Paroki Stenbrohult (sekarang termasuk wilayah administrasi Älmhult), di bagian selatan Swedia. Ayahnya bernama Nils Ingemarsson Linnaeus dan ibunya bernama Christina Brodersonia. Sejak kecil Linnaeus dilatih menjadi seorang anggota gereja yang setia, sebagaimana ayahnya dan kakeknya (dari ibu), namun ia kurang bersemangat mengikuti kegiatan tersebut. Ketertarikannya dalam studi botani sempat membuat seorang dokter dari kotanya terpesona dan ia dikirim untuk bersekolah di Universitas Lund—universitas terdekat, kemudian pindah ke Universitas Uppsala setelah satu tahun.

Dalam masa-masa ini Linnaeus mempunyai keyakinan bahwa dalam benang sari dan putik bunga terkandung dasar-dasar klasifikasi tumbuhan, maka ia menuliskan sebuah makalah singkat pada suatu mata kuliah yang berhasil membuatnya menjadi pembantu profesor. Tahun 1732 Badan Akademik Ilmu Pengetahuan Alam di Uppsala membiayai ekspedisinya untuk meneliti Laplandia. Hasilnya adalah tulisan berjudul Flora Laponica yang dicetak tahun 1737.

Pada tahun 1735 Linnaeus pindah ke Belanda. Di sana ia mendapatkan gelar dokter dari Universitas Harderwijk. Gelar ini ialah satu-satunya gelar akademik yang berhasil didapatkan Linnaeus, dan ia memperolehnya hanya dalam waktu enam hari, termasuk tiga hari mencetak catatan-catatan botaninya dalam bahasa Latin.

Di Belanda Linnaeus bertemu dengan ahli botani Jan Frederik Gronovius dan memperlihatkannya rancangan makalahnya mengenai taksonomi, yang berjudul Systema Naturae. Di dalamnya, penggunaan deskripsi resmi - physalis amno ramosissime ramis angulosis glabris foliis dentoserratis - diganti olehnya menjadi nama genus-species yang ringkas dan akrab pada zaman sekarang - Physalis angulata - dan penggolongan taksa lebih tinggi dibuat secara berurutan. Meskipun sistem ini, tatanama binomial (nomenklatur binomial), dikembangkan oleh Bauhin bersaudara, Linnaeus dapat dikatakan sebagai yang mempeloporinya.

Pada tahun 1739 Linnaeus menikah dengan Sara Elisabeth Morea di Stockholm. Linnaeus diangkat sebagai profesor dalam bidang kedokteran di Universitas Uppsala pada tahun 1741 dan ia pindah ke sana, tetapi tidak berapa lama kemudian beralih menjadi profesor di bidang botani. Linnaeus meneruskan kerja dalam sistem klasifikasi serta memperluas pula pada Kerajaan (Regnum) Hewan dan Kerajaan Mineral. Pada tahun 1757 ia mendapat gelar kebangsawanan (von) dari Raja Swedia Adolf Fredrik, sehingga dapat menggunakan nama Carl von Linné.

Pada akhir hidupnya, Linnaeus sering menderita sakit, seperti encok dan sakit gigi. Ia terkena serangan stroke dua kali, yaitu pada tahun 1774 dan 1776, hingga kehilangan fungsi bagian tubuhnya bagian kanan. Linnaeus meninggal dunia pada 10 Januari 1778 di Uppsala pada suatu upacara di Katedral Uppsala dan kemudian ia dimakamkan di katedral tersebut.

2. Tatanama Linnaeus

Sumbangan utama Linnaeus bagi ilmu taksonomi ialah pembuatan konvensi penamaan organisme hidup yang diterima secara universal dalam dunia ilmiah—karya Linnaeus tersebut menjadi titik awal tatanama biologi. Selain itu, Linnaeus mengembangkan, selama pengembangan besar pengetahuan sejarah alam pada abad ke-18, hal yang sekarang disebut sebagai taksonomi Linnaeus, yaitu sistem klasifikasi ilmiah yang kini digunakan secara luas dalam biologi.

Sistem Linnaeus mengklasifikasikan alam dalam hirarki atau tingkatan-tingkatan, dimulai dengan tiga "kerajaan". Kerajaan dibagi ke dalam Kelas dan masing-masing Kelas terbagi dalam Ordo, yang dibagi dalam Genera (bentuk tunggal: genus), yang dibagi dalam Spesies. Di bawah tingkatan spesies, Linnaeus kadang menyebutkan takson yang tidak diberinya nama (untuk tumbuhan, hal ini sekarang dinamai "varietas").

Linnaeus menamai taksa dengan sesuatu yang mengena pada ciri khusus taksa tersebut. Sebagai contoh, manusia adalah Homo sapiens, tetapi ia juga menyatakan bahwa ada species manusia kedua, Homo troglotydes (bermakna "orang goa", yang ia maksudkan untuk simpanse dan sekarang ditempatkan dalam genus berbeda (bukan Homo) melainkan Pan troglotydes). Kelompok mamalia dinamai berdasarkan kelenjar susu (mammae) karena salah satu definisi karakteristik mamalia adalah bahwa mereka merawat bayinya. (Dari beberapa perbedaan antara mamalia dan hewan lain, Linnaeus lebih memilih hal ini karena pandangannya pada pentingnya keberadaan induk betina.)

Hanya sistem pengelompokan hewan oleh Linnaeus yang masih tetap digunakan hingga kini, dan pengelompokan itu sendiri sudah banyak berubah sejak dicetuskan oleh Linnaeus sebagaimana prinsip-prinsip yang melandasi pengelompokan itu juga banyak berubah. Namun demikian, Linnaeus tetap dianggap berjasa mengembangkan gagasan struktur hirarki klasifikasi yang didasari oleh sifat-sifat teramati. Rincian dasar tentang hal yang dapat dianggap sah secara ilmiah untuk disebut 'sifat teramati' itu sendiri telah berubah seiring bertambahnya pengetahuan (contohnya, DNA yang pada masa hidup Linnaeus tidak dikenal telah terbukti bermanfaat dalam mengklasifikasikan dan menentukan hubungan organisme hidup satu dengan lainnya), namun prinsip-prinsip dasarnya tetap masuk akal.

Read More