Jumlah dan jenis bakateri sangat banyak. Untuk menentukan tata nama pada setiap jenis bakteri, para peneliti menggunakan dasar klasifikasi diantaranya
1. Berdasarkan sifat umum
Bakteri merupakan organisme bersel-tunggal yang bereproduksi dengan cara sederhana, yaitu dengan pembelahan biner. Sebagian besar hidup bebas dan mengandung informasi genetik dan memiliki sistem biosintetik dan penghasil energi yang penting untuk pertumbuhan dan reproduksinya. Sejumlah bakteri, bersifat parasit intraseluler obligat contohnya Chlamydiae dan Rickettsiae. Dalam beberapa hal bakteri berbeda dari eukariot. Bakteri tidak memiliki ribosom 80S maupun organel bermembran, seperti nukleus, mitokondria, lisosom, retikulum endoplasma maupun badan golgi, bakteri tidak memiliki flagela fibril 9+2 atau struktur silia seperti pada sel eukariot. Bakteri memiliki ribosom 70S dan kromosom sirkuler tunggal (nukleoid) tanpa sampul yang disusun oleh asam deoksiribonukleat untai-ganda (DNA) yang bereplikasi secara amitosis. Jika terjadi pergerakan sering disebabkan adanya struktur flagela filamen-tunggal. Sejumlah bakteri memiliki mikrofibril eksternal (pili atau fimbria) yang berfungsi untuk menempel. Mycoplasma tidak memiliki dinding sel, sedangkan eubakteria lainnya menghasilkan struktur sampul dengan susunan senyawa kimianya mirip peptidoglikan dinding sel. Eubakteria yang berdinding sel dan archaebakteria dapat berbentuk kokus (bola), basil (batang), batang melengkung atau spiral. Struktur kimia sampul eubakteria sering digunakan untuk membedakannya ke dalam kelompok bakteri Gram-positif, Gram-negatif, dan “acid-fast” (tahan-asam).
2. Berdasarkan konsep spesies
Spesies bakteri didefinisikan secara deskriptif (fenotipik). Setiap macam bakteri dianggap sebagai suatu spesies, yang dibentuk dari kumpulan strain yang memberikan beberapa gambaran sangat berbeda dari strain lain. Suatu strain merupakan merupakan progeni atau subkultur dari isolat koloni tunggal dalam kultur murni. Spesies bakteri didefinisikan melalui (1) sifat struktural dari bentuk, ukuran, cara pergerakan, tahap istirahat, reaksi pewarnaan Gram, dan pertumbuhan secaramakroskopik, (2) sifat nutrisi dan biokimia, produk akhir dan informasi biokimia lain pada metabolit dan komponen seluler, (3) sifat fisiologi relatif terhadap oksigen, temperatur, pH, dan respon terhadap zat antibakteri, (4) sifat ekologi dan (5) komposisi basa DNA, homologi, dan sifat genetik.
3. Berdasarkan konsep biovar (Biotipe Spesies/Strain)
Kumpulan spesies bakteri terdiri dari strain-strain yang saling berhubungan tetapi berbeda organisme, kadang-kadang disebut sebagai “cluster”. Dalam setiap kumpulan spesies atau “cluster”, suatu strain dipilih secara acak untuk menjadi wakil terbaik dari spesies tersebut. Strain ini disebut biotipe (atau biovar) dari spesies, dan sesudah itu sifatnya digunakan untuk menggambarkan spesies tersebut. Strain biotipe digunakan sebagai “strain referensi”, tersedia pada koleksi kultur seperti ”The American Type Culture Collection” (ATCC), Rockville, Maryland, USA. Strain biotipe tidak memperlihatkan semua sifat strain dalam kumpulan spesies. Oleh karena itu, penandaan subspesies, seperti serotipe (serovar), patotipe (patovar), morfotipe (morfovar), atau tipe faga (fagovar) kadang-kadang digunakan untuk menunjukan sifat tertentu dari variasi strain. Pada bakteri, tidak adanya kriteria gabungan definitif untuk penandaan spesies dapat difahami akibat variasi pada tingkat dimana kelompok dipisahkan, bergantung pada gambaran peneliti, sebagai kolektor dan pemisah. Menurut kategori pemisah yang menandai setiap serotipe (serovar) Salmonella sebagai suatu spesies dengan nama yang dimilikinya. Di pihak lain, pengumpul menandai serotipe individu sebagai jumlah tipe dalam spesies tunggal, contohnya, Klebsiella atau Streptococcus.
